Also ich kenns nur von Netbeans, da brauchst Du das Web-Development Modul, dabei sind dann auch diverse Application Server wie Glassfish, Tomcat oder der Sun Application Server. Beim Run/Debug kannst Du den integrierten Server verwenden. Für die Distribution baust Du ein WAR-Archiv (ein JAR fürs Web), welches Du über die Serveradministration (Webinterface) deployen kannst.
Ich kenns vom Tomcat, da gibt es ein /manager/ Applet, über dies das geschieht. Beim Glassfish wirds ähnlich sein.