Yup. Sofern Dein Kalender irgendwo liegt, wo sowohl Thunderbird + Lightning als auch iOS drauf zugreifen können (Google, MS Live, usw.), sollte das kein Problem sein. Du musst ja den Kalender nicht per iTunes rüber-synchronisieren.
Sieh's einfach so wie ein E-Mail Postfach: Da haste die Mails ja auch auf einem IMAP-Server liegen und konfigurierst den Thunderbird und das Mail auf iOS als unabhängige Clients.