In Bios kann man ja u.a. die Boot-Reihenfolge festlegen und auch (zumindest bei mir) in einem anderen Unterpunkt die Reihenfolge der HDDs festlegen.
Der Bootloader wird immer dorthin geschrieben, was bei Installation die erste Platte war. Und dort sucht z.B. Windows auch die Boot.ini, in der drinsteht, von welchem physikalischen Medium er wirklich booten soll.Bei deinem Rechner klingt das für mich so, als wäre diese Reihenfolge vertauscht gewesen im BIOS. Hast du da vor der Meldung irgendwas geändert oder hattest du eine Meldung, daß die CMOS-Daten korrupt sind?